En tant que commune riveraine de la Seine, Boissettes est exposée à un risque d'inondation par crue.
De fortes précipitations peuvent également provoquer des coulées de boues et glissement de terrain.Comme partout, d'autres aléas climatiques peuvent se produire : canicule, tempête, neige, verglas ...
Il ne faut pas non plus négliger les risques technologiques du fait du transport de matières dangereuses par voie fluviale et de la présence, à moins de 65 kilomètres, du réacteur nucléaire de Nogent-Sur-Seine.
Pour en savoir plus sur ces différents risques et la conduite à tenir, préventivement et pendant l'alerte, un Document d'Information sur les Risques Majeurs (DICRIM) a été distribué à tous les résidents de la commune.